• Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC).

• Centro de Investigaciones Energéticas, Medioambientales y Tecnológicas (CIEMAT).

• Instituto Geológico y Minero de España (IGME).

• Instituto Español de Oceanografía (IEO).

• Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA).

• Instituto de Astrofísica de Canarias (IAC).

• Instituto de Salud Carlos III (ISCIII).

Otras entidades dependientes:

• Centro para el Desarrollo Técnico Industrial (CDTI) [http://www.cdti.es]
• Sociedad Estatal para el Desarrollo del Diseño y la Innovación (DDI) [http://www.ddi.es]
• Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología (FECYT)  [http://www.fecyt.es]
• Fundación Genoma España  [http://www.gen-es.org]
• Museo Nacional de Ciencia y Tecnología  [http://www.micinn.es/mnct/]

OPIs, entidades públicas de investigación y unidades que realizan actividades de investigación científica, desarrollo tecnológico y/o innovación industrial, adscritos a otros Departamentos Ministeriales:

• Agencia Nacional de Meteorología (AEMET)

• Canal de Experiencias Hidrodinámicas de El Pardo (CEHIPAR).

• Centro de Investigaciones Sociológicas (CIS).

• Centro de Estudios Políticos y Constitucionales (CEPC).

• Centro de Estudios y Experimentación de Obras Públicas (CEDEX).

• Centros de I+D dependientes de la Dirección General de Armamento y Material del Ministerio de Defensa (DGAM).

• Instituto de Estudios Fiscales (IEF).

• Instituto Geográfico Nacional (IGN).

• Instituto Nacional de Investigación y Formación sobre Drogas (INIFD).

• Instituto Nacional de Técnica Aeroespacial (INTA)

• Instituto Nacional de Toxicología y Ciencias Forenses (INTCF).